プログラム（samtools）の出力を別のプログラム（bamToBed）に渡すことは失敗します。

次のように、あるコマンドの出力を別のプログラムにパイプするにはどうすればよいですか？

samtools view -bf 0x2 p1163.novo.tier2.bam | bamToBed -i stdin | coverageBed -a stdin -b genes.bed

しかし、私の端末では標準入力は機能しません。