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各文字列の間に改行を維持しながら、部分文字列から長い文字列を作成します。

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各文字列の間に改行を維持しながら、部分文字列から長い文字列を作成します。

次の文字列を含むファイルがあります。

GTACGACGGAGTGTTATAAGATGGGAAATCGGATACCAGATGAAATTGTGGATCGGTGCAAAA
GTCGGCAGATATCGTTGAAGTCATAGGTGATTATGTTCAATTAAAGAAGCAAGGCCGAAACTAC
TTTGGACTCTGTCCTTTTCATGGAGAAAGCACACCTTCGTTTTCCGTATCGCCCGACAAACAGAT
TTTTCATTGCTTTGGCTGCGGAGCGGGCGGCAATGTTTTCTCTTTTTTAAGGCAGATGGAAGGCT
ATTCTTTTGCCGAGTCGGTTTCTCACCTTGCTGACAAATACCAAATTGATTTTCCAGATGATATAA
CAGTCCATTCCGGAGCCCGGCCAGAG      

TCTTCTGGAGAACAAAAAATGGCTGAGGCACATGAGCTCCTGAAGAAATTTTACCATCATTTGT
TAATAAATACAAAAGAAGGTCAAGAGGCACTGGATTATCTGCTTTCTAGGGGCTTTACGAAAGA
GCTGATTAATGAATTTCAGATTGGCTATGCTCTTGATTCTTGGGACTTTATCACGAAA

CCGCTGTATTCTCAGCCAAGCGGTATAGTCTCCGCTGTATTCTCAGCCCCAGCCGTTCCACTCAG
AGGAACTTTAAAGGATGTTCCTGTTGAGGGCTCATCATCGTCATCGTCATCATCATCATCATCAT
CATCATCATCATCATCAACATCAACCGTCGCACCAGCAAATAAGGCAAGAACTGGAGAAGACGC
AGAAGGCAGTCAAGATTCTAGTGGTACTGAAGCTTCTGGTAGCCAGGGTTCTGAAGAGGAAGG
TAGTGAAGACGATGGCCAAACTAGTGCTGCTTCCCAACCCACTACTCCAGCTCAAAGTGAAGGC
GCAACTACCGAAACCATAGAAGCTACTCCAAAAGAAGAATGCGGCACTTCATTTGTAATGTGGT

私はこれを空の行で区切られた3つの長い文字列として欲しいです。つまり、次のようになります。

  GTACGACGGAGTGTTATAAGATGGGAAATCGGATACCAGATGAAATTGTGGATCGGTGCAAAAGTCGGCAGATATCGTTGAAGTCATAGGTGATTATGTTCAATTAAAGAAGCAAGGCCGAAACTACTTTGGACTCTGTCCTTTTCATGGAGAAAGCACACCTTCGTTTTCCGTATCGCCCGACAAACAGATTTTTCATTGCTTTGGCTGCGGAGCGGGCGGCAATGTTTTCTCTTTTTTAAGGCAGATGGAAGGCTATTCTTTTGCCGAGTCGGTTTCTCACCTTGCTGACAAATACCAAATTGATTTTCCAGATGATATAACAGTCCATTCCGGAGCCCGGCCAGAG

  TCTTCTGGAGAACAAAAAATGGCTGAGGCACATGAGCTCCTGAAGAAATTTTACCATCATTTGTTAATAAATACAAAAGAAGGTCAAGAGGCACTGGATTATCTGCTTTCTAGGGGCTTTACGAAAGAGCTGATTAATGAATTTCAGATTGGCTATGCTCTTGATTCTTGGGACTTTATCACGAAA

  CCGCTGTATTCTCAGCCAAGCGGTATAGTCTCCGCTGTATTCTCAGCCCCAGCCGTTCCACTCAGAGGAACTTTAAAGGATGTTCCTGTTGAGGGCTCATCATCGTCATCGTCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCAACATCAACCGTCGCACCAGCAAATAAGGCAAGAACTGGAGAAGACGCAGAAGGCAGTCAAGATTCTAGTGGTACTGAAGCTTCTGGTAGCCAGGGTTCTGAAGAGGAAGGTAGTGAAGACGATGGCCAAACTAGTGCTGCTTCCCAACCCACTACTCCAGCTCAAAGTGAAGGCGCAACTACCGAAACCATAGAAGCTACTCCAAAAGAAGAATGCGGCACTTCATTTGTAATGTGGT

Unixでこの問題を解決する方法。 awkとsedを試してみましたが、目的の結果が得られませんでした。

ベストアンサー1

sed -e:t -e'N;/\n$/!s/\n//;$!tt' <in >out

これは、各反復に挿入されたewline文字のN後にパターンスペースに追加の行を追加します。改行文字がパターンスペースの最後の文字ではない\n場合（追加された行が空白のように）、挿入された改行文字が置き換えられます。最後の行ではなくすべての入力行を正常に置き換えようとし、必要に応じてテストタグに分岐して追加の行を再インポートします。\n!$s///!$t:N

結果:

GTACGACGGAGTGTTATAAGATGGGAAATCGGATACCAGATGAAATTGTGGATCGGTGCAAAAGTCGGCAGATATCGTTGAAGTCATAGGTGATTATGTTCAATTAAAGAAGCAAGGCCGAAACTACTTTGGACTCTGTCCTTTTCATGGAGAAAGCACACCTTCGTTTTCCGTATCGCCCGACAAACAGATTTTTCATTGCTTTGGCTGCGGAGCGGGCGGCAATGTTTTCTCTTTTTTAAGGCAGATGGAAGGCTATTCTTTTGCCGAGTCGGTTTCTCACCTTGCTGACAAATACCAAATTGATTTTCCAGATGATATAACAGTCCATTCCGGAGCCCGGCCAGAG

TCTTCTGGAGAACAAAAAATGGCTGAGGCACATGAGCTCCTGAAGAAATTTTACCATCATTTGTTAATAAATACAAAAGAAGGTCAAGAGGCACTGGATTATCTGCTTTCTAGGGGCTTTACGAAAGAGCTGATTAATGAATTTCAGATTGGCTATGCTCTTGATTCTTGGGACTTTATCACGAAA

CCGCTGTATTCTCAGCCAAGCGGTATAGTCTCCGCTGTATTCTCAGCCCCAGCCGTTCCACTCAGAGGAACTTTAAAGGATGTTCCTGTTGAGGGCTCATCATCGTCATCGTCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCAACATCAACCGTCGCACCAGCAAATAAGGCAAGAACTGGAGAAGACGCAGAAGGCAGTCAAGATTCTAGTGGTACTGAAGCTTCTGGTAGCCAGGGTTCTGAAGAGGAAGGTAGTGAAGACGATGGCCAAACTAGTGCTGCTTCCCAACCCACTACTCCAGCTCAAAGTGAAGGCGCAACTACCGAAACCATAGAAGCTACTCCAAAAGAAGAATGCGGCACTTCATTTGTAATGTGGT

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