☰

列を個別に一致させて列に貼り付ける方法

tag-icon • tag-icon awk join merge bioinformatics
列を個別に一致させて列に貼り付ける方法

次の2つのファイルがあります。 

    file1.txt  
    0 rs3094315 0 0 C T  
    0 rs12562034 0 0 A G  
    0 rs3934834 0 0 C T  

    file2.txt  
    Chr,Pos,snp_name  
    1, 742429,rs3094315

file1の最初の列はChr列でもあり、file2のchr列に置き換える必要があります。ただし、次のようにsnpと一致する必要があります。

    file3  
    1 rs3094315 0 0 C T

File2は行と列番号が異なります。

ベストアンサー1

すでにここに部分的に答えています。 https://stackoverflow.com/questions/24516141/awk-processing-2-files-with- Different-field-separators

awk 'NR==FNR {arr[$2]=$2FS$3FS$4FS$5FS$6; next} {print $1,arr[$3]}' file1 FS="," file2 
1 rs3094315 0 0 C T

おすすめ記事