複数のファイルのパイプラインを実行するためにforループを使用しましたが、残念ながら端末は途中で停止しました。パイプラインを再実行したいのですが、時間の問題のために出力ファイルが生成されたディレクトリをスキップしたいと思います。デフォルトでは、入れ子になったifステートメント - ファイル出力ファイルが存在する場合、パイプを実行しない限り無視します。可能ですか？
for f in /Volumes/My\ Passport/Documents/Projects/untitled\ folder\ 2/untitled\ folder\ 3/untitled\ folder\ 2/untitled\ folder/*/*_1.fastq; do
subdir="${f%/*}"
pushd "$subdir" &>/dev/null
file1="${f##*/}"
file2="${file1%_1.fastq}_2.fastq"
adapter="/Volumes/My\ Passport/Documents/adapters.fa"
reference="/Volumes/My\ Passport/Documents/ucsc_hg19/ucsc.hg19.fasta"
dbSNP="/Volumes/My\ Passport/Documents/ucsc_hg19/dbsnp_138.hg19"
COSMIC="/Volumes/My\ Passport/Documents/ucsc_hg19/CosmicCodingMuts.vcf"
interval="/Volumes/My\ Passport/Documents/plist.bed"
sjdb="/Volumes/My\ Passport/Documents/ucsc_hg19/ucsc.hg19.gtf"
file3="${file1%_1.fastq}_1_trimmed.fastq"
file4="${file2%_2.fastq}_2_trimmed.fastq"
#preQC (cutadapt -O subtracted, prinseq -min_qual_score 4 -ns_max_p 2 subtracted)
~/Desktop/UTSW/Applications/bbmap/bbduk.sh -Xmx120g in1="${file1}" in2="${file2}" out1="${file1%_1.fastq}_1_trimmed.fastq" out2="${file2%_2.fastq}_2_trimmed.fastq" ref="${adapter}" trimq=10
paste - - - - < "${file3}" | sort -k1,1 -t " " | tr "\t" "\n" > "${file3%_1_trimmed.fastq}_trimmed_sorted_1.fastq"
paste - - - - < "${file4}" | sort -k1,1 -t " " | tr "\t" "\n" > "${file4%_2_trimmed.fastq}_trimmed_sorted_2.fastq"
parallel -j $PARALLEL_TASKS perl ~/UTSW/Applications/prinseq-lite-0.20.4/prinseq-lite.pl -fastq "${file3%_1_trimmed.fastq}_trimmed_sorted_1.fastq" -fastq2 "${file4%_2_trimmed.fastq}_trimmed_sorted_2.fastq" -no_qual_header -trim_right 1 -custom_params "A 75%;T 75%;G 75%;C 75%" min_qual_mean 25 -min_len 40 -out_format 3 -out_good "${f%.*}_QC" -out_bad null -log
done
ベストアンサー1
どこでテストを推奨するかはわかりませんが、[シェルコマンドと[[bash組み込み機能の両方に次のようなテストがあります。
for f in ...
do
if [[ ! -e "$f" ]]
then
# do work here because file $f does not exist
fi
done
これは単なる例であり、ループ本体が何をしているのかよくわかりません。したがって、テストはループ本体の別の場所に行く必要があるかもしれません。