2つのディレクトリを比較し、他のサブディレクトリを3番目のディレクトリにコピーします。

 for dir in $(find DIR1 -type d) ;do
   newdir=$(echo ${dir} | sed -e "1,1s/^DIR1/DIR3/")
   mkdir -p ${newdir}
 done

上記のブロックは、DIR3の下のDIR1にすべてのディレクトリを作成します。 DIR1の下に新しいディレクトリを作成し、DIR2にない場合は、DIR1の下に新しいディレクトリがあるときにこのコードを実行する必要があります。そうでなければ、一度だけ実行すれば十分です。

それから：

for file in $(find DIR1 -type f) ;do
  oldfile=$(echo ${file} | sed -e "1,1s/^DIR1/DIR2/")
  if [ -f ${oldfile} ]
  then
    diff ${file} ${oldfile} >/dev/null; r=${?}
    if [ $r -ne 0 ]
    then
      newfile=$(echo ${file} | sed -e "1,1s/^DIR1/DIR3/")
      cp ${file} ${newfile}
    fi
  else
    newfile=$(echo ${file} | sed -e "1,1s/^DIR1/DIR3/")
    cp ${file} ${newfile}
  fi
done