次のファイルがあります。
VLLKHCGRMRRFLIRNLRSFLSHISLNTLKSQESKV
LLSSQAKMYFSLRENFYLEGGIETTFVPSGEVYSRSFLKGISRI
LNPNALPTSPISENWVMVRPIVAQISLRRMTPSAIGAQTEMA
MKLELLLAFKYLIPKRKRLSSSIVSAFSMGIVALVVWLSVVFMSVIHGLQQRWVGDLASLHSSIRIEPSDKYYESYYYQIDSHAEASQYIYKTIGEKLLCEQTDPYDPDVDFLLPEAFPDPEFSDNGEMIDPVRTANERMLSLFSSRKGSFVEFEEGMGHVHMDRAFRGHKGEPRALSQYIAYSSDILYQQRMLPFEETDYSTEVLNRFNASSEGWLADFLVLQEKFRGMSVILPVVYRDQGYRVGDTASLSVFSVKKEGEVRFPLRVIGFYNPGVSPFGGKTIFIDKELAASIRSESEGLGMHNGWQVFLPSVQDIPVMKQSIQKIFKESEVSSYWEISSLYDYEFFKPILDQLQSDQVLFSIVSFIVLIVACSNIVTMSILLVNNKKKEIGILKAMGVSSSRLQLVFGLCGACSGLVGALLGSILAALTLKNLGILTHWLSKLQGREAFNPSFFGEQLPQDFHLPTVICLSLGALVLAAISGAIPAQHVARMQVSDILKSE
MVILVEAKHISKVIQQQDVCIPILKDVSFQLHAGEVVAITGASGSGKSSLLHLLGTLDQPSSGQILFFGKQVRREELPIFRNCRIGFIFQNFYLLEDDSVINNVLMPAQIARKDTGQKSKARERALALLESVGLVDRRDEKGSLLSGGEKQRVAIARALMNDPEIVLADEPSGNLDHRTADTIHELLLALAEKHRGVLIVTHDRELAEKCHREEILRDGTLMQRQ
LKDTVTPNYHPGMIRRFRPLTQTSTRSGYHKSE
LHVSCLEWLSMITFTRTPLRIAWARAKKNSGLKKIYIKTKILSVAWLIAFKIIFDAALGIKRWIGM
LADPVTTVWKSANIVFLCWRVLPLVRRKTTLEF
LARRRSGSFRGGRRSVFGSLVFSLGSGEHLLGDGY
VGARVRIDANRLSIPSMIVFIANNRRGLWVTIPF
VEEVGSGGLKRSLYFKEEEPCTLITLRSWLEKKET
ファイルの各行を元のファイルの行番号(、1
など)で名前を付けて独自のファイルに保存したいと思います。また、各シーケンスの前にaで始まり、行番号を追加する行を追加する必要があります。2
3
>
したがって、1.txt
次のようになります。
>1
VLLKHCGRMRRFLIRNLRSFLSHISLNTLKSQESKV
と2.txt:
>2
LLSSQAKMYFSLRENFYLEGGIETTFVPSGEVYSRSFLKGISRI
など。どうすればいいですか?
ベストアンサー1
あなたが使用できるawk
:
awk '{print > NR".txt"}' file
NR
は現在の行番号awk
なので、上記のコマンドは各行を現在の行番号に加えたファイルとして印刷します.txt
。
シーケンスにプレフィックスを追加するには、>
次のようにします。
awk '{print ">"$0 > NR".txt"}' file
>
正しいFASTA形式が必要な場合(各シーケンスの前にはシーケンス名で始まる行が続きます)、次のコマンドを使用してください。
awk '{printf ">%s\n%s\n",NR,$0 > NR".txt"}' file
これにより、次のファイルが生成されます。
$ cat 3.txt
>3
LNPNALPTSPISENWVMVRPIVAQISLRRMTPSAIGAQTEMA