これと非常によく似た作業を行う必要があります。文字列を順次インデックスに置き換えるしかし、列に数字を追加する代わりに、列全体を増加する数字に置き換えます。このように：
0 0 chr1 3000575 3000801 0 chr1 4340023 4340249 32 32
0 0 chr1 3000641 3000801 -1 chr1 3311943 3311783 32 32
0 0 chr1 3000674 3000801 -1 chr1 3001534 3001407 32 32
0 0 chr1 3000674 3000801 -1 chr1 3001534 3001407 32 32
0 0 chr1 3000674 3000801 -1 chr1 3001534 3001407 32 32
~になる
0 0 chr1 3000575 3000801 0 chr1 4340023 4340249 32 32
1 0 chr1 3000641 3000801 -1 chr1 3311943 3311783 32 32
2 0 chr1 3000674 3000801 -1 chr1 3001534 3001407 32 32
3 0 chr1 3000674 3000801 -1 chr1 3001534 3001407 32 32
4 0 chr1 3000674 3000801 -1 chr1 3001534 3001407 32 32
（0から始めても1から始めても構いません。）
愚かな気がしますが、この問題に対する解決策を私の状況に適用することはできません...
ベストアンサー1
行に番号を付けるには、次のものを使用できますnl。列を削除または維持したい列をフィルタリングするには、次のものを使用できますcut。
$ cut -f 2- cols.txt | nl
1 0 chr1 3000575 3000801 0 chr1 4340023 4340249 32 32
2 0 chr1 3000641 3000801 -1 chr1 3311943 3311783 32 32
3 0 chr1 3000674 3000801 -1 chr1 3001534 3001407 32 32
4 0 chr1 3000674 3000801 -1 chr1 3001534 3001407 32 32
5 0 chr1 3000674 3000801 -1 chr1 3001534 3001407 32 32
唯一の迷惑なのは、nl行の先頭に空白のパディングを挿入することです（デフォルトでは、行番号フィールドの幅は6文字で、行番号が切り捨てられるため、この幅を下げたくありません）。次のようにこれらの問題を排除できます。
$ cut -f 2- cols.txt | nl | sed 's/^ *//'
1 0 chr1 3000575 3000801 0 chr1 4340023 4340249 32 32
2 0 chr1 3000641 3000801 -1 chr1 3311943 3311783 32 32
3 0 chr1 3000674 3000801 -1 chr1 3001534 3001407 32 32
4 0 chr1 3000674 3000801 -1 chr1 3001534 3001407 32 32
5 0 chr1 3000674 3000801 -1 chr1 3001534 3001407 32 32
このcutユーティリティは、入力から「削除」したい列のリストを取得します。私たちの場合は2列以降（）です-f 2-。データはタブで区切られているため、cutこれを変更するために変更する必要はありません。それ以外の場合は、別の区切り文字を使用するように指示できます-d。
このsedコマンドは単に行の先頭のスペースを置き換えますnl。