手動で入力したコマンドとスクリプトによって実行されたコマンドの区別

いいえ。

スクリプトまたはシェル関数は（対話型シェルであることを示す）を$-確認して検索するか、コントロールtty（たとえば）を見つけることができますが、これは完璧な方法ではありません。itty

ユーザーのシェルセッションで実行されたすべてのコマンドをログに記録したり、そのシェル履歴ファイルを表示したりしてrootも、表示されるコマンドはそのユーザーが直接入力したのか、コマンドラインに挿入したのか（またはログに入力したのか）わかりません。 ）スクリプトまたは他の方法で。