私はautodockというプログラムを運営する生物学者です。 ZINCライブラリに.mol2形式のファイルがいくつかあります。要件に応じて、コマンドを使用してこのファイルを分割する必要があり、ディレクトリ内のcsplitすべてのコンテンツを受け取りました。親ファイルは複数の小さなファイルに分割されます。各ファイル名は次のとおりです。ZINC14382748.mol2これで、すべてのファイルをpdbqt形式に変更し、次のスクリプトを使用する必要があります。
#!/bin/csh # # $Id: ex02.csh,v 1.5 2007/07/19 21:52:59 rhuey Exp $
#
# use the 'prepare_ligands.py' python script to create pdbq files
cd $VSTROOT/VirtualScreening/Ligands
foreach f (`ls *`) echo $f pythonsh ../../prepare_ligand4.py -l $f -d ../etc/ligand_dict.py end
試してみるとこんな感じです。
/bin/ls: Argument list too long
つまり、正常に完了すると、上記のファイル数を別の形式にコピーします。それでは、この問題を解決する合理的な方法はありませんか？
ベストアンサー1
- 出力を解析しないでください
ls。 言うforeach f (*)。返品、 "$f"妥当な理由がなく、実行している操作がわからない限り、常にシェル変数参照（例：）を引用する必要があります。