☰

grep、awk、sed、file1 と file2 の列 2 と列 3 の一致を印刷します。

tag-icon • tag-icon text-processing sed awk grep
grep、awk、sed、file1 と file2 の列 2 と列 3 の一致を印刷します。

編集：file1.txtの列1,2をfile2.txtの列1,3と一致させ、file2.txtの一致行を印刷したいと思います。

ファイル1.txt：

scaffold1   57482
scaffold1   63114
scaffold1   63118
scaffold1   63129
scaffold1   63139
scaffold1   63279
scaffold1   63294
scaffold2   65015
scaffold2   77268
scaffold2   77335

ファイル2.txt：

scaffold1   381 382 T/A +
scaffold1   384 385 T/A,G   +
scaffold1   385 386 G/C +
scaffold1   445 446 C/T +
scaffold1   57481   57482   T/A +
scaffold1   63113   63114   T/A,G   +
scaffold1   63128   63129   G/C +
scaffold2   65014   65015   G/A +
scaffold2   77267   77268   G/A +
scaffold2   77334   77335   C/T +

出力.txt:

scaffold1   57481   57482   T/A +
scaffold1   63113   63114   T/A,G   +
scaffold1   63128   63129   G/C +
scaffold2   65014   65015   G/A +
scaffold2   77267   77268   G/A +
scaffold2   77334   77335   C/T +

ベストアンサー1

解決策awk：

$ awk 'NR==FNR{a[$1$2]++;next}{if($1$3 in a){print}}' file1 file2 
scaffold1   57481   57482   T/A +
scaffold1   63113   63114   T/A,G   +
scaffold1   63128   63129   G/C +
scaffold2   65014   65015   G/A +
scaffold2   77267   77268   G/A +
scaffold2   77334   77335   C/T +

NR現在の行番号とFNR現在のファイルの現在の行番号。 2 つは、最初のファイルを読み取る場合にのみ同じです。したがって、最初のブロックは最初のファイルを読み取るときにのみ実行されるため、最初のファイルの最初と2番目のフィールドが配列に保存されますa。次に、2番目のファイルを処理するときに最初と3番目のフィールドがある場合にのみその行を印刷します。つまり、a最初のファイルにある場合にのみその行を印刷します。

おすすめ記事