2つのファイルがあります。
ファイル1
ST4.03ch10 56000001 56500000
ST4.03ch11 34500001 35000000
ST4.03ch04 54500001 55000000
ST4.03ch12 500001 100
ファイル2
ST4.03ch12 56014301 56019800 0.163 遺伝子 5.5
ST4.03ch12 56022401 56025300 0.419 遺伝子 2.9
ST4.03ch12 671201 803530
1 00 1 遺伝子 5.3 ST4.03ch12 671201 803500
1 遺伝子 5.0
ST4.03ch12 447401 449500 0.038 遺伝子 8.5
ST4 。 03ch12 671201 803500 1 遺伝子 9.5
編集：前のサンプルデータに基づいて生成されたコードは実際のデータとうまく機能しないため、ここに実際のデータのいくつかを追加しました。
次の3つの基準に基づいて、file1の行の1つに一致するfile2の行を選択して印刷しようとしています。
1. col1 of file2 = col1 of file1;
2. col2 of file2 >/= col2 of file1, and
3. col3 of file2 </= col3 of file1
私がしたいことは：ファイル1のcol1に識別子（ST4.03chXX）が含まれ、col2（開始）とcol3（終了）に対応する調整範囲が含まれており、ファイル2で項目を探しています。
1）識別子colAの
開始座標と終了座標（colBとcolC）は、ファイル1の対応する識別子の範囲内のファイル1と2の識別子と一致します。
予想出力：
ST4.03ch12 671201 803500 1 遺伝子 5.5
ST4.03ch12 671201 803500 1 遺伝子 5.3 ST4.03ch12 671201
803500 1 遺伝子 5.0 ST4.03ch20 15 67
実際のファイル（特にファイル2）はかなり大きいので、aを使って作業を完了したいのですが、awk必要に応じてループが機能します。
ベストアンサー1
次のように試すことができます。
awk 'NR==FNR{z[$1]?z[$1]=z[$1]"|"$2"|"$3:z[$1]=$2"|"$3;next}
{if ($1 in z){l=split(z[$1], k, "|");
{for (i=1;i<l;i+=2){if ($2>=k[i] && $3<=k[i+1]){print}}}}}' file1 file2
これを読みfile1、2番目と3番目のフィールドをaで連結|し、それを配列z（最初のフィールドにインデックス付けされている）に保存し、最初のフィールドがあるかどうかをfile2読み、確認します。zもしそうなら、z[1st field]行を分割して|印刷k[i]します。iフィールド2>=k[i]とフィールド3の場合、各奇数値<=k[i+1]