以下のようにファイルをソートしたいと思います。
chr17 84938 85187 1 100 1
chr12 86723 87265 2 100 1
chr12 87368 87556 11 100 1
chr12 87704 87880 10 100 1
chr12 88018 88256 3 75 1
chr12 88018 88569 1 25 1
chr17 88171 69528 1 100 2
chr12 88393 88569 6 100 1
chr12 88750 88859 3 100 1
chr12 88772 88859 3 100 1
chr12 89019 89674 7 100 1
chr12 89828 90586 1 100 1
chr12 90656 90795 3 100 1
chr17 93459 92763 1 100 2
chr17 96901 69528 4 100 2
chr17 100273 99697 1 100 2
chr16 101557 97558 13 100 2
chr16 103475 101646 8 100 2
chr16 104059 105458 18 100 1
chr16 105550 105776 19 100 1
chr16 105883 106538 17 100 1
chr16 106614 107085 20 100 1
chr18 107887 109384 1 100 1
chr16 108971 108759 2 100 2
まず、1列、2列、3列（いずれも昇順）を並べ替えたいと思います。
Excelにしましたが、この結果が出ました。
chr12 86723 87265 2 100 1
chr12 87368 87556 11 100 1
chr12 87704 87880 10 100 1
chr12 88018 88256 3 75 1
chr12 88018 88569 1 25 1
chr12 88393 88569 6 100 1
chr12 88750 88859 3 100 1
chr12 88772 88859 3 100 1
chr12 89019 89674 7 100 1
chr12 89828 90586 1 100 1
chr12 90656 90795 3 100 1
chr16 101557 97558 13 100 2
chr16 103475 101646 8 100 2
chr16 104059 105458 18 100 1
chr16 105550 105776 19 100 1
chr16 105883 106538 17 100 1
chr16 106614 107085 20 100 1
chr16 108971 108759 2 100 2
chr17 84938 85187 1 100 1
chr17 88171 69528 1 100 2
chr17 93459 92763 1 100 2
chr17 96901 69528 4 100 2
chr17 100273 99697 1 100 2
chr18 107887 109384 1 100 1
Unixコマンドラインでこのコマンドを使用しました。
ソート -k 1,1 -nk2 -nk3 file.txt
それは私に以下を与えます：
chr17 84938 85187 1 100 1
chr12 86723 87265 2 100 1
chr12 87368 87556 11 100 1
chr12 87704 87880 10 100 1
chr12 88018 88256 3 75 1
chr12 88018 88569 1 25 1
chr17 88171 69528 1 100 2
chr12 88393 88569 6 100 1
chr12 88750 88859 3 100 1
chr12 88772 88859 3 100 1
chr12 89019 89674 7 100 1
chr12 89828 90586 1 100 1
chr12 90656 90795 3 100 1
chr17 93459 92763 1 100 2
chr17 96901 69528 4 100 2
chr17 100273 99697 1 100 2
chr16 101557 97558 13 100 2
chr16 103475 101646 8 100 2
chr16 104059 105458 18 100 1
chr16 105550 105776 19 100 1
chr16 105883 106538 17 100 1
chr16 106614 107085 20 100 1
chr18 107887 109384 1 100 1
chr16 108971 108759 2 100 2
Excelのような結果を得るためにここで何をすべきですか？
助けてくれてありがとう。
ありがとう