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Bashで端末のデータ値をCSVファイルにエクスポートする方法

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Bashで端末のデータ値をCSVファイルにエクスポートする方法

端末で生成されたデータ値をCSVファイルにエクスポートしたいと思います。以下は、Freesurferでコマンドを実行した後に得られる出力です。

dev@dev-OptiPlex-780:~$ mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only

    $Id: mri_segstats.c,v 1.75.2.9 2013/02/16 00:09:33 greve Exp $
    cwd 
    cmdline mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only 
    sysname  Linux
    hostname dev-OptiPlex-780
    machine  x86_64
    user     dev
    UseRobust  0
    atlas_icv (eTIV) = 1144730 mm^3    (det: 1.701803 )

上記の出力では、bashスクリプトを使用してcsvファイルからatlas_ICV（eTIV）（つまり= 1144730mm ^ 3）の一意の値を抽出したいと思います。どんな提案でもいただければ幸いです。

ディレクトリ内の10件のトピックのICV値を抽出する自動化されたコードを作成しました。

    for ICV in `cat list_subjects.txt`;do

    #mri_segstats --subject $ICV --etiv-only

   ICV_Calculation=mri_segstats --subject $ICV --etiv-only | sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p'

    echo "${Subjects_ICV},${ICV_Calculation}" >>Subjects_ICV.csv

    done

ここで list_subjects.txt には、私のディレクトリのすべてのトピックが含まれています。

ベストアンサー1

atlas_ICV (eTIV)一意の値（例：= 1144730 mm^3）を抽出したいと思います。

このファイルが与えられたら：

: mri_segstats.c,v 1.75.2.9 2013/02/16 00:09:33 greve Exp $
cwd 
cmdline mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only 
sysname  Linux
hostname dev-OptiPlex-780
machine  x86_64
user     dev
UseRobust  0
atlas_icv (eTIV) = 1144730 mm^3    (det: 1.701803 )

私はこれを使うことができますsed：

sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p' atlas
1144730 mm^3

出力から値を抽出するには、STDOUT次のパイプを使用します。

cat atlas | sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p'
1144730 mm^3

あなたの場合は、次のようになると思います。

mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only | sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p'

sed --version
sed (GNU sed) 4.2.2

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