同じ列のテーブルに変換するために、可変数の区切り文字を持つテーブルを解析しようとしています。
cluster=96\troot\tcellular organisms\tno_rank no_rank$
cluster=42\troot\tcellular organisms\tBacteria\tno_rank\tno_rank\tsuperkingdom$
cluster=362\troot\tcellular organisms\tBacteria\tProteobacteria\tno rank\tno rank\tsuperkingdom\tphylum$
cluster=12330\troot\tcellular organisms\tBacteria\tTerrabacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tClostridiaceae\tClostridium\tno rank\tno rank\tsuperkingdom\tno rank\tphylum\tclass\torder\tfamily\tgenus$
予想される出力は次のとおりです。
cluster=96\troot\tcellular organisms\t\t\t\t\t\t\t\tno_rank\tno_rank\t\t\t\t\t\t\t$
cluster=42\troot\tcellular organisms\tBacteria\t\t\t\t\t\t\tno_rank\tno_rank\tsuperkingdom\t\t\t\t\t\t$
cluster=362\troot\tcellular organisms\tBacteria\tProteobacteria\t\t\t\t\t\tno rank\tno rank\tsuperkingdom\tphylum\t\t\t\t\t$
cluster=12330\troot\tcellular organisms\tBacteria\tTerrabacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tClostridiaceae\tClostridium\tno rank\tno rank\tsuperkingdom\tno rank\tphylum\tclass\torder\tfamily\tgenus$
「\t」はタブ区切り文字で、「$」は行末です。
ベストアンサー1
Awkを使用して2つのパスを作成します。
awk -F'\t' -v OFS='\t' 'FNR==NR {if (NF>a) {a=NF}; next} NF<a{$a=""} 1' file file
これにより、次の場所に追加タブが追加されます。終わり不足しているフィールドを持つ行。
あなたの正確なサンプルデータに基づいて、あなたはプログラムで解決できない問題に対処しているようです。値が正しい列にあることを確認するために途中で追加のタブを追加する必要がある場合は、no_rankより素晴らしいロジックが必要です。