ファイルが別のフォルダにある場合は、フォルダからファイルをコピーします。

ファイルに for ループを使用します。パラメータ拡張を使用して部分パスを抽出できます。

#! /bin/bash
for file in folderA/* ; do
    basename=${file##*/}
    if [[ -f folderB/$basename ]] ; then
        cp "$file" folderC/"$basename"
    fi
done

また、フォルダBのファイルを繰り返すこともできます。これは、フォルダBにフォルダAよりもはるかに少ないファイルが含まれている場合にお勧めします。