#CHROM POS REF ALT ../S101_sorted.bam ../S102_sorted.bam ../S105_sorted.bam ../S107_sorted.bam ../S113_sorted.bam ../S114_sorted.bam ../S115_sorted.bam ../S
Aradu.A01 296611 T C T T T T T T T T T T T T T T T/C T T/C T T T T
Aradu.A01 326689 T C T/C T T T T/C T T T T/C T/C T T T T T T T T/C T/C T T
Aradu.A01 615910 T G T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T
Aradu.A01 661394 T A T T T T T T/A T T T T T T T T T T T T T T T
Aradu.A01 941674 C T C C/T C C C/T C C C C C C C C C C C C C C C C
Aradu.A01 942064 C T C/T C/T C/T C/T C/T C C C/T C C/T C/T C C C/T C/T C C C C C/T C/T
Aradu.A01 954858 G A G/A G G G G G G G G G G G G G G G G/A G G G G
Aradu.A01 1196780 C A C/A C C C C C C C C C C C/A C C C/A C C C C C C
上記の形式のファイルがあり、_残りの列で区切られた最初の2つの列をそのまま印刷しようとしています。次のスクリプトを試しましたが、awk出力は返されません。
awk '{if (NR>1) print $1"_"$2; for(i=3;i<NF;i++) printf "\t", $i}' input_file > out_file.
誰もが私がここで何を間違っているかを提案できますか？
ベストアンサー1
最初の2列間のスペースを下線に変更するには、次のことをお勧めしますsed。
sed -e 's/[\t ]\+/_/'
ヘッダー行を無視する必要がある場合：
sed -e '/^#/! s/[\t ]\+/_/'
またはより一般的な場合（ヘッダーは任意の文字で始まり、\tのみ適用されますgnu sed）
sed -E '1! s/[[:blank:]]+/_/'
awkコードに関する質問の場合、最初のコードはおそらく見苦しい改行文字を印刷しないようにする必要がprintあります。printf