レコードを列に積み重ねる

次のファイルがあります。

1
2
3
     # always a double newline
a
b
c     # each subgroup has the same number of rows

9
10

y
z
...

デフォルトでは、列1、二重改行、列2、二重改行、再び列1

値の性質（何でも構いません）または「列」の数（あらかじめ知られていますが、2または3です）を想定しないでください。

次の出力が出ることが予想されます。

1,a
2,b
3,c
9,y
10,z
...

仕事に適したツールは何ですか？