（ユーザーのバグ）OverlayFS - 現在のマージディレクトリ（マウントポイント）から削除されたファイルが、マージディレクトリをサブバージョンに再マウントすると再表示されます。

Debian Stretch（ルートとして実行）では、現在の動作は次のとおりです。

# Create base directory
mkdir base
touch base/example

# Create merge, upper and work directories for 2 layers
mkdir layer1 layer1.upper layer1.work
mkdir layer2 layer2.upper layer2.work

# Mount layer1 as the merged directory using layer1.upper as the true upper layer,
# with base as a lower layer and layer1.work as the necessary work directory
mount -t overlay overlay -o lowerdir=$(pwd)/base,upperdir=$(pwd)/layer1.upper,workdir=$(pwd)/layer1.work layer1
ls layer1 # should show example as expected
ls layer1.upper # shows no file (this is expected behaviour, it should only show files written on layer1)
rm layer1/example
ls layer1 # should show no files
ls layer1.upper # should show a special character device called "example", this is the "whiteout" file

# unmount, and remount with layer2 being the new upper layer and using layer1.upper directory as the top level lower layer.
umount layer1
mount -t overlay overlay -o lowerdir=$(pwd)/base:$(pwd)/layer1.upper,upperdir=$(pwd)/layer2.upper,workdir=$(pwd)/layer2.work layer2
ls layer2 # now shows example again as if it was never deleted

これはバグですか？それともこれが制限/予想される動作ですか？

期待している場合、迅速かつ簡単に修正するための提案はありますか？

FWIW auFSで期待どおりに動作するので、回避策はaufs-dkmsをインストールしてauFSを使い続けることです。

【書き直す】私は間違っていました。 （現在修正済み）回答を確認してください！