tkdiffを使用してGUIモードで2つのgzipファイルを比較するには？

シェルがそれをサポートしている場合は、プロセス置換を使用できます。

tkdiff <(gzip -dc file1.gz) <(gzip -dc file2.gz)

これでtkdiffファイル名はとのよう/dev/fd/4に見えますが、/dev/fd/5両方のファイルの内容は圧縮されていないため、通常どおり実行されます。