1つのファイルを使用して複数のコマンドを実行する

1つのファイルを使用して複数のコマンドを実行する

コマンドのリストを含むファイルがあります。最初のものはスクリプト名です(例:get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl)。他のすべてはスクリプトのパラメータです。以下は、runscriptなどのすべてのコマンドを実行するために使用したい基本ファイルの数行です。

get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl 11:9554976-9657232 EUR ENSG00000133789.txt
get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl 11:70272382-70444560 EUR ENSG00000131626.txt
get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl 11:94324686-94541163 EUR ENSG00000020922.txt
...

私がしていること:

chmod u+x runscript
sh runscript

入る予定です(状態:

line 1: get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl: command not found

なぜこれが起こるのですか?すべてのコンテンツは現在ディレクトリにあります。パスに問題はありません。

私がしたこと:

export PATH=$PATH:.

実行後:

get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl 11:9554976-9657232 EUR ENSG00000133789.txt

私は持っています:

-bash: ./get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl: Permission denied

ベストアンサー1

get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.plコマンドではなくファイル名です。

スクリプトはPerlで書かれているので、runscriptファイルを次のように変更します。

perl get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl 11:9554976-9657232 EUR ENSG00000133789.txt
perl get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl 11:70272382-70444560 EUR ENSG00000131626.txt
perl get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl 11:94324686-94541163 EUR ENSG00000020922.txt
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