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2つの入力ファイルを入力として使用してLinuxでbashループを実行できませんか？

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2つの入力ファイルを入力として使用してLinuxでbashループを実行できませんか？

Bashスクリプトに初めてアクセスし、プログラムが100の異なるファイルで実行されるように自動化するスクリプトを作成しました。誰でもスクリプトを変更できますか？ 1つのディレクトリには、すべてのファイルに共通のサフィックス*_R1_sic.fastと*_R2_sic.fastを含む1〜100個のファイルがあります。

#!/bin/bash
set -e
 
for i in *_R*_sic.fast
do
   SAMPLE=$(echo ${i} | sed "s/_R1_\sic.fast//" | sed "s/_R2_\sic.fast//")
   echo ${SAMPLE}_R1_sic.fast
   echo ${SAMPLE}_R2_sic.fast
time /home/cent/anaconda3/envs/cot_env/bin/cot_cpp cot -k 25 -l 100 -p /home/cent/data/dy_samples/gz/trim/bssp/dat_files/${SAMPLE}_R1_sic.fast /home/cent/data/dy_samples/gz/trim/bssp/dat_files/${SAMPLE}_R2_sic.fast -o /home/cent/data/dy_samples/gz/trim/bssp/dat_files/${SAMPLE}_R_001_trimo25p_shat -t 5 -u 5 -g 150 -m 150G > ${SAMPLE}_R_001_trimo25p_shat_log
done

ベストアンサー1

あなたはおそらくこれが欲しいでしょう：

dat_files=/home/cent/data/dy_samples/gz/trim/bssp/dat_files
cot_bin=/home/cent/anaconda3/envs/cot_env/bin

for r1 in *_R1_sic.fast; do
    sample=${r1%_R1_sic.fast}      # trim the _R1... suffix
    r2=${sample}_R2_sic.fast       # add the _R2 suffix
    if [[ -f $r2 ]]; then
        out=${sample}_R_001_trimo25p_shat
        cot_args=(
            -k 25 
            -l 100 
            -p "$dat_files/$r1" "$dat_files/$r2" 
            -o "$dat_files/$out"
            -t 5
            -u 5 
            -g 150 
            -m 150G
        )
        time "$cot_bin/cot_cpp" cot "${cot_args[@]}" > "${out}_log"
    fi
done

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