サンプルごとに複数のfastqファイルがあり、すべて一度に入力として提供する必要があります。 （すべて1つのサンプルに属するため、forループのように独立して処理しないでください。1つのサンプルに入力されるため、一緒にする必要があります。）。
これは簡単な例です。 s1サンプルには3つのfastqファイルしかありません。
NanoPlot -t 2 --fastq s1.reads1.fastq.gz s1.reads2.fastq.gz s1.reads3.fastq.g --maxlength 40000 --plots hex dot
ここで、s1に100を超えるfastqファイルがあるとします。このファイルをすべて入力として使用するようにコマンドを変更するにはどうすればよいですか？
ベストアンサー1
NanoPlotしたがって、私の提案は、FASTQファイルのリストを含むパラメータとしてファイル名を指定し、プログラムがそれに応じてリストを処理することです。
NanoPlot -t 2 --fastq fastq_files.list --maxlength 40000 --plots hex dot
内容はfastq_files.list次のとおりです。
s1.reads1.fastq.gz
s1.reads2.fastq.gz
s1.reads3.fastq.gz
...etc