bashに "-mthreads"という単語を "-pthread"として扱うようにするにはどうすればよいですか？

zshグローバルエイリアスを使用してこれを実行できます。

alias -g -- -mthreads=-pthread

しかし、 bash を引き続き使用する必要がある場合は、@Kyle Jonesが説明したように、引数をフィルタリングするシェル関数を作成してください。