ローカルインストールファイルのbedファイル情報を使用したfastaシーケンスの検索

Question

これにより、必要な操作が実行されます。

for i in $(awk '{print $1"_"$2+1"_"$3}' foo.bed); do grep -A 1 $i seqs.fa ; done

説明する

awk '{print $1"_"$2+1"_"$3}' foo.bed: .bed ファイルの各行の開始座標と終了座標で染色体を印刷します。$2+1ファイルの座標が異なるため、注意してください.bed。たとえば、ファイルの最初の3行は次のようになります。
```
$ awk '{print $1"_"$2+1"_"$3}' foo.bed 
chr10_91061478_91062132
chr12_77456451_77457116
chr7_150754940_150755706
```
for i in $(command); do ...; donecommand：これはasによって返された各値を保存し、$iそれを使用してアクションを実行します。
grep -A 1 $i seqs.fa：これは「もの」です。awkコマンドの各結果を把握し、一致する行と次の行（-A 1）を印刷します。

この操作をやり直す必要がある場合は、RSATを使用しないでください。¹これを行う簡単な方法があります。代わりに、各染色体のFASTAシーケンスをダウンロードしてから、パッケージのツールを使用してくださいexonerate（Debianを介してDebianベースのシステムにインストール可能sudo apt-get install exonerate）。プロセス（各染色体に名前が付けられたFASTAファイルがあると仮定chrN.fa）：

awk '{print $1,$2,($3-$2)}' foo.bed | while read chr start length; do
    fastasubseq /path/to/$chr.fa $start $length >> subseqs.fa
done

上記のコマンドは目的のサブ配列を抽出し（座標が常にアノードストランドに相対的であると仮定して）、数秒しかかかりません。

¹ _{誤解しないでください。 RSATファミリーは優れたツールであり、長年にわたって一緒に作業している著者には多くの尊敬を持っていますが、この種の大規模な作業にとって必ずしも最高のツールではありません。。}

Answer 1

これにより、必要な操作が実行されます。

for i in $(awk '{print $1"_"$2+1"_"$3}' foo.bed); do grep -A 1 $i seqs.fa ; done

説明する

awk '{print $1"_"$2+1"_"$3}' foo.bed: .bed ファイルの各行の開始座標と終了座標で染色体を印刷します。$2+1ファイルの座標が異なるため、注意してください.bed。たとえば、ファイルの最初の3行は次のようになります。
```
$ awk '{print $1"_"$2+1"_"$3}' foo.bed 
chr10_91061478_91062132
chr12_77456451_77457116
chr7_150754940_150755706
```
for i in $(command); do ...; donecommand：これはasによって返された各値を保存し、$iそれを使用してアクションを実行します。
grep -A 1 $i seqs.fa：これは「もの」です。awkコマンドの各結果を把握し、一致する行と次の行（-A 1）を印刷します。

この操作をやり直す必要がある場合は、RSATを使用しないでください。¹これを行う簡単な方法があります。代わりに、各染色体のFASTAシーケンスをダウンロードしてから、パッケージのツールを使用してくださいexonerate（Debianを介してDebianベースのシステムにインストール可能sudo apt-get install exonerate）。プロセス（各染色体に名前が付けられたFASTAファイルがあると仮定chrN.fa）：

awk '{print $1,$2,($3-$2)}' foo.bed | while read chr start length; do
    fastasubseq /path/to/$chr.fa $start $length >> subseqs.fa
done

上記のコマンドは目的のサブ配列を抽出し（座標が常にアノードストランドに相対的であると仮定して）、数秒しかかかりません。

¹ _{誤解しないでください。 RSATファミリーは優れたツールであり、長年にわたって一緒に作業している著者には多くの尊敬を持っていますが、この種の大規模な作業にとって必ずしも最高のツールではありません。。}

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