「プログラム」フォルダには、多くのプログラムのリスト（samtools、annovar、bra、bedtoolsなど）があります。
パスのエクスポートに関する多くの記事を読んだので、作業フォルダ内のプログラムのフルパスを識別する必要はありません。しかし、まだ動作しません。すべてを混ぜているからだそうです。
バリアント_効果_予測フォルダにPerlスクリプトがあり、スクリプトのフルパスを入力せずに別のフォルダでそのスクリプトを評価したいと思います。
私はOS Xで作業しています。~/.profile以下を追加しました。
export PATH=/Users/pics/Desktop/MyDocuments/Programms/ensembl-tools-release-78/scripts/variant_effect_predictor:$PATH
とにかくそれは私に次のように言います。
pik:Annotation pic$ perl variant_effect_predictor.pl -custom C0066PH1.H3K4me1.ppqt_macs2_broad_v2.20130819.bed.gz,BED_annotation,BED,overlap,1 -i SNPs_vep_input.txt --cache --force_overwrite --symbol
Can't open perl script "variant_effect_predictor.pl": No such file or directory
したがって、パスをエクスポートまたは追加しません。どうすれば解決できますか？
ベストアンサー1
実行すると、呼び出されたスクリプトが現在のディレクトリにあることを実行可能ファイルにperl variant_effect_predictor.pl通知して実行します。perlvariant_effect_predictor.pl
実行可能 ( chmod +x /Users/pics/Desktop/MyDocuments/Programms/ensembl-tools-release-78/scripts/variant_effect_predictor/variant_effect_predictor.pl) でスクリプトが内部的に shebang(" #!/usr/bin/perl" または最初の行の同様の文字) で始まる場合、perlコマンドの先頭にその部分を残しておくと、目的の項目をbash検索できます。$PATHまたお願いします。