SGEにジョブ配列スクリプトを送信する

複数のファイルに対して特定のタスクを実行するためのタスク配列スクリプトを作成しようとしています。開始できる fastq ファイルが 2 つしかないとしましょう。名前: abc.fastq、def.fastq

#!/bin/bash

    file=$(ls -1 *.fastq | tail -n +${SGE_TASK_ID}| head -1)
    filename=${file%.fastq}
    awk 'NR % 2 == 0{print substr($1,7,100)};NR % 2 ==1' $file > ${filename}_BR.fastq

私が提出したスクリプトは次のとおりです。

qsub -t 1-2:1 -cwd -j y -N array_job ./jobarray.sh

ただし、abc.fastqという1つのファイルのみが処理されました。 def.fastqファイルはどうなりましたか？ 2つのジョブに-tパラメーターを指定し、スクリプトでSGE_TASK_IDを宣言しました。

まもなく連絡をお待ちしております。