最初にすべきこと:slurmやInfinibandの知識は必要ありません。これは純粋にテキスト処理の問題です。
第二 - 知っているib2slurm- コードが何らかの方法で破損しており、最新バージョンではない可能性があります。 - マッピングファイルの有無や形式に関係なく実行されるたびにコアダンプが生成されます。
ibnetdiscoverの出力をフォームごとに37行のチャンクに減らすことができます。
Switch 36 "S-0002c90200423e70" # "MF0;ibsw20:SX6036/U1" enhanced port 0 lid 3 lmc 0
[1] "H-0002c903000c26f2"[1](2c903000c26f3) # "compute061 HCA-1" lid 49 4xQDR
[2] "H-0002c903000bf36e"[1](2c903000bf36f) # "compute060 HCA-1" lid 1 4xQDR
[3] "H-0002c903000bf35a"[1](2c903000bf35b) # "compute063 HCA-1" lid 28 4xQDR
[4] "H-0002c903000c2646"[1](2c903000c2647) # "compute062 HCA-1" lid 25 4xQDR
[5] "H-0002c903000bf35e"[1](2c903000bf35f) # "compute064 HCA-1" lid 31 4xQDR
[6] "H-0002c903000c26de"[1](2c903000c26df) # "compute065 HCA-1" lid 47 4xQDR
[7] "S-0002c90200423e80"[31] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 6 4xQDR
[8] "S-0002c90200423e80"[32] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 6 4xQDR
[9] "S-0002c90200423e80"[33] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 6 4xQDR
[10] "S-0002c90200423e80"[34] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 6 4xQDR
[11] "S-0002c90200423e80"[35] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 6 4xQDR
[12] "S-0002c90200423e80"[36] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 6 4xQDR
[13] "S-0002c90200423eb8"[35] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 11 4xQDR
[14] "S-0002c90200423eb8"[36] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 11 4xQDR
[15] "S-0002c90200423eb8"[33] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 11 4xQDR
[16] "S-0002c90200423eb8"[34] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 11 4xQDR
[17] "S-0002c90200423eb8"[31] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 11 4xQDR
[18] "S-0002c90200423eb8"[32] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 11 4xQDR
[19] "S-0002c90200423ee0"[31] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 15 4xQDR
[20] "S-0002c90200423ee0"[32] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 15 4xQDR
[21] "S-0002c90200423ee0"[33] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 15 4xQDR
[22] "S-0002c90200423ee0"[34] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 15 4xQDR
[23] "S-0002c90200423ee0"[35] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 15 4xQDR
[24] "S-0002c90200423ee0"[36] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 15 4xQDR
[25] "H-0002c903000c26fa"[1](2c903000c26fb) # "compute046 HCA-1" lid 112 4xQDR
[26] "H-0002c903000c26e2"[1](2c903000c26e3) # "compute047 HCA-1" lid 63 4xQDR
[27] "H-0002c903000c263a"[1](2c903000c263b) # "compute048 HCA-1" lid 59 4xQDR
[28] "H-0002c903000c27c2"[1](2c903000c27c3) # "compute049 HCA-1" lid 117 4xQDR
[29] "H-0002c903000c27a6"[1](2c903000c27a7) # "compute051 HCA-1" lid 34 4xQDR
[30] "H-0002c903000c2732"[1](2c903000c2733) # "compute050 HCA-1" lid 22 4xQDR
[31] "H-0002c903000c265e"[1](2c903000c265f) # "compute052 HCA-1" lid 29 4xQDR
[32] "H-0002c903000c266a"[1](2c903000c266b) # "compute055 HCA-1" lid 32 4xQDR
[33] "H-0002c903000c264e"[1](2c903000c264f) # "compute054 HCA-1" lid 26 4xQDR
[34] "H-0002c903000c26ee"[1](2c903000c26ef) # "compute056 HCA-1" lid 48 4xQDR
[35] "H-0002c903000bf246"[1](2c903000bf247) # "compute057 HCA-1" lid 33 4xQDR
[36] "H-0002c903000c27ca"[1](2c903000c27cb) # "compute053 HCA-1" lid 44 4xQDR
また、awkまたはsedを使用してCompute061などのノード名を抽出できます。
スイッチ名で始まり、その後にノード名が続く各ブロックに対して1行を取得したいと思います。つまり:
ibsw20 compute061 compute060 compute063 compute062 compute064 compute065 compute046 compute047 compute048 compute049 compute051 compute050 compute052 compute055 compute054 compute056 compute057 compute053
scontrol show hostlist "<nodename> <nodename> ..."
slurmを使用して複数のノードを単一のエンティティに圧縮し、slurmのtopology.confファイル形式にプッシュする予定です。
SwitchName=ibsw20 Nodes=compute[046-057,060-061]
どんなアイデアがありますか?
すべてのスイッチ・マッピングが完了した後、ibnetdiscover ファイルは、次の形式でノードごとにスイッチをマップする逆順に進みます。
vendid=0x2c9
devid=0x673c
sysimgguid=0x2c903000bf371
caguid=0x2c903000bf36e
Ca 1 "H-0002c903000bf36e" # "compute060 HCA-1"
[1](2c903000bf36f) "S-0002c90200423e70"[2] # lid 1 lmc 0 "MF0;ibsw20:SX6036/U1" lid 3 4xQDR
各ブロックは空行で区切られます。
始めるための簡単な質問 - 複数行のテキストを1行に解析し、各行の異なる部分を抽出し(ヘッダーと本文の行を別々に処理し)、関連データを含まない行を削除する方法は?
編集:このブロックはいっぱいではないかもしれません。特定のスイッチの特定のポートに接続がない場合、出力はそのラインをスキップし、次のような結果が発生する可能性があります。
Switch 36 "S-0002c90200423e70" # "MF0;ibsw20:SX6036/U1" enhanced port 0 lid 3 lmc 0
[2] "H-0002c903000bf36e"[1](2c903000bf36f) # "compute060 HCA-1" lid 1 4xQDR
[3] "H-0002c903000bf35a"[1](2c903000bf35b) # "compute063 HCA-1" lid 28 4xQDR
[4] "H-0002c903000c2646"[1](2c903000c2647) # "compute062 HCA-1" lid 25 4xQDR
[15] "S-0002c90200423eb8"[33] # "Infiniscale-IV Mellanox Technologies" lid 11 4xQDR
[33] "H-0002c903000c264e"[1](2c903000c264f) # "compute074 HCA-1" lid 26 4xQDR
[34] "H-0002c903000c26ee"[1](2c903000c26ef) # "compute076 HCA-1" lid 48 4xQDR
したがって、各スイッチラインの後に36本のラインが付いているか、[36]が常にスイッチブロックの最後のラインであるとは限りません。
ベストアンサー1
第1四半期
この awk コマンドは、次のことを前提として、ファイルから一意のコンピューター名のソートされたリストを抽出します。
ソースファイルははるかに長く、各スイッチの行ブロックがあります。
スイッチブロック全体をソートし(スイッチ行が常に各スイッチの連続行セットの最初の行であると仮定して)、冗長ノードを削除するスクリプトは次のとおりです。
awk -v FS='[#"]' '
BEGIN{c=0}
$1~/Switch/ {c++; j=0; split($5,arr,"[;:]" ); sw[c,0]=arr[2] }
$1~/\[[0-9]+\]/ { j++; split($5,arr," " ); sw[c,j]=arr[1] }
END {
print("final count of switches=" c)
for (i=1; i<=c; i++) {
print( "switch=" i, sw[i,0] ) # show switch number.
split("", out , ":" ) # delete array "out".
split("", indices , ":" ) # delete array "indices".
j=0
while (sw[i,++j]) { # for all array elements.
if (out[sw[i,j]]++ < 1) { # Is it a new value?
indices[sw[i,j]]=j # add to array "indices".
}
}
n=asorti(indices) # sort the keys of indices
printf( "%s ", sw[i,0] )
for (k=1; k<=n; k++) { # all values for a switch.
printf( "%s ", indices[k] )
}
printf( "%s\n", "" )
}
}
' infile
結果:
final count of switches=3
switch=1 ibsw20
ibsw20 Infiniscale-IV compute060 compute061 compute062 compute063
compute064 compute065 compute066 compute067 compute068 compute069
compute070 compute071 compute072 compute073 compute074 compute075
compute076 compute077
switch=2 ibsw21
ibsw21 Infiniscale-IV compute060 compute061 compute062 compute063
compute064 compute065 compute066 compute067 compute068 compute069
compute070 compute071 compute072 compute073 compute074 compute075
compute076 compute077
switch=3 ibsw22
ibsw22 Infiniscale-IV compute060 compute062 compute063 compute074
compute076
Infiniscale-IVを削除する必要があるのか、それとも次のように処理する必要があるのかわかりません。
SwitchName=ibsw20 Nodes=compute[060-077]
第2四半期
"man awk"から:
RS が空文字列に設定されている場合、レコードは空行で区切られます。
つまり、「レコード区切り記号」(RS)がnullに設定されます。
awk -v RS='' 'script to process lines' file