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awkを使用して列からシンボルを削除する方法

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awkを使用して列からシンボルを削除する方法

次のデータがあります。

chr1    134901  139379  -   "ENSG00000237683.5";
chr1    860260  879955  +   "ENSG00000187634.6";
chr1    861264  866445  -   "ENSG00000268179.1";
chr1    879584  894689  -   "ENSG00000188976.6";
chr1    895967  901095  +   "ENSG00000187961.9";

GTFファイルを解析して作成しました。

可能であれば、awkまたはsedを使用して5列の合計を削除したいと思います"。;結果は次のとおりです。

chr1    134901  139379  -   ENSG00000237683.5
chr1    860260  879955  +   ENSG00000187634.6
chr1    861264  866445  -   ENSG00000268179.1
chr1    879584  894689  -   ENSG00000188976.6
chr1    895967  901095  +   ENSG00000187961.9

ベストアンサー1

使用gsub:

awk '{gsub(/\"|\;/,"")}1' file
chr1    134901  139379  -   ENSG00000237683.5
chr1    860260  879955  +   ENSG00000187634.6
chr1    861264  866445  -   ENSG00000268179.1
chr1    879584  894689  -   ENSG00000188976.6
chr1    895967  901095  +   ENSG00000187961.9

走りたいならただ5番目のフィールドは、他のフィールドに引用符またはセミコロンを保持します。

awk '{gsub(/\"|\;/,"",$5)}1' file

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