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sed while ループエラー

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sed while ループエラー

解析するファイルがあります。

mmu-miR-15-5p/16-5p/195-5p/424-5p/497-5p    0610007P14Rik
mmu-miR-326-3p/330-5p   0610007P14Rik
mmu-miR-326-3p/330-5p   Lmir
mmu-miR-15/16/195/424/497   0610007P14Rik
mmu-miR-15-5p/16-5p/195-5p/424-5p/497-5p/6838-5p    0610007P14Rik
mmu-miR-15/16/195/424-5p/497    Alinf
mmu-miR-326/330-5p  0610007P14Rik
mmu-miR-326/330 0610007P14Rik
mmu-miR-1/206/613   Crgi
mmu-miR-1-3p/206    0610007P14Rik

希望の出力：

最初の行の場合

mmu-miR-15-5p   0610007P14Rik
mmu-miR16-5p    0610007P14Rik
mmu-miR195-5p   0610007P14Rik
mmu-miR424-5p   0610007P14Rik
mmu-miR497-5p   0610007P14Rik

など...

2番目の列と新しい行を置き換えて/作成するだけです。mmu-miR

Bashで次のコード行を試しました。

sed 's/\//\nmmu-miR/g' test.txt

mmu-miR-15-5p
mmu-miR16-5p
mmu-miR195-5p
mmu-miR424-5p
mmu-miR497-5p   0610007P14Rik
mmu-miR-326-3p
mmu-miR330-5p   0610007P14Rik
mmu-miR-326-3p
mmu-miR330-5p   Lmir

whileループと次のsedコマンドを試しました。

while read line; do 
    lineCols=( $line ); 
    v1=($(echo "${lineCols[0]}"));
    v2=($(echo "${lineCols[1]}"));
    sed 's/\//\n/g' ${v1};
done <test.txt

しかし、エラーが発生しました。

sed: can't read mmu-miR-15-5p/16-5p/195-5p/424-5p/497-5p: No such file or directory
sed: can't read mmu-miR-326-3p/330-5p: No such file or directory
sed: can't read mmu-miR-326-3p/330-5p: No such file or directory
sed: can't read mmu-miR-15/16/195/424/497: No such file or directory
sed: can't read mmu-miR-15-5p/16-5p/195-5p/424-5p/497-5p/6838-5p: No such file or directory

私は何が間違っていましたか？

ベストアンサー1

この目標を達成する方法awk

より良い読みやすさ/使いやすさのために、以下を含むawkスクリプト（）を生成します。myScript.awk

{ 
  n=split($1, a, "/")
  split(a[1], b, "-")

  for (i=1; i<n+1; i++) {
    if (i == 1) {
      printf a[i]"\t"$2"\n"
    }
    else {
      printf b[1]"-"b[2]"-"a[i]"\t"$2"\n"
    }    
  }
}

仕組み：

n=split($1, a, "/")

この行は最初の行を取ります。大地（例："mmu-miR-15-5p/16-5p/195-5p/424-5p/497-5p"最初の行）区切り文字「/」で分割して配列に保存しa、分割要素の数をに保存しますn。最初の行の場合：

a[1] = "mmu-miR-15-5p"
a[2] = "16-5p"
a[3] = "195-5p"
a[4] = "424-5p"
a[5] = "497-5p"
n = 5

コマンドはawk各行で実行されるため、次の行の結果は異なります。

split(a[1], b, "-")

同様に、この行は最初の要素を取得し、区切りa文字「-」で区切ります。これは以下を生成します。

b[1] = "mmu"
b[2] = "miR"
b[3] = "15"
b[4] = "5p"

aこのような配列があれば、出力行数（入力行で「/」で区切られた要素数）を繰り返し、配列ビットと！を使用して各行を設定するだけですb。最初の行にはa[1]「mmu-miR-」がすでに含まれているため、例外を作成する必要があるため、ifこの場合を区別してください。

それを実行する方法

awk -f myScript.awk input.txt

テストした結果、質問から要求された内容が出力されました。

ノート あなたの質問に対する私の意見で述べたように、単一の呼び出しをawk使用することは、ファイルの各行を繰り返すよりも効率的で「シェルに優しい」です。

編集者ノート あなたのコメントに基づいてスクリプトを修正しました。今大丈夫だと思います！

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