Bashスクリプトのファイルリストから複数のファイルを入力する方法

Bashスクリプトのファイルリストから複数のファイルを入力する方法

bam_files.txt次のファイルのリストがあります。

/home/test/2cells_2_trim.bam
/home/test/6h_1_trim.bam
/home/test/2cells_1_trim.bam
/home/test/6h_2_trim.bam

私はこのようなことをしたい:

cuffnorm -o cuffnorm_out /home/software/genes.gtf test/*.bam

ただし、(上記のように)ディレクトリから直接ファイルを読み込むbam_files.txtのではなく、ディレクトリからファイルを読み取る場合。

同じコマンドですべてのファイルを一緒に読みたいです。

誰でも助けることができますか?ありがとうございます。助けてくれてありがとう。

ベストアンサー1

bam_files.txt配列を読み取り、その配列をパラメータとして使用できますcuffnorm

mapfile -t bam_files < bam_files.txt
cuffnorm -o cuffnorm_out /home/software/genes.gtf "${bam_files[@]}"

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